Địa bàn xã Hưng Khánh Trung A hiện nay trước đây là một phần xã Hưng Khánh Trung thuộc huyện Chợ Lách.

Ngày 9 tháng 2 năm 2009, Chính phủ ban hành Nghị định số 08/NĐ-CP[1]. Theo đó, thành lập xã Hưng Khánh Trung A trên cơ sở điều chỉnh 1.331,67 ha diện tích tự nhiên, 8.760 người của xã Hưng Khánh Trung và chuyển xã Hưng Khánh Trung A về huyện Mỏ Cày Bắc mới thành lập.